巴鲁夫非管理交换机BNI网络模块
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巴鲁夫非管理交换机BNI网络模块
主要特点
将这些方法运用到阿尔茨海默病和帕金森病的研究中对基因和miRNA表达数据(3个microarray 和4个RNA-seq数据集)进行如下分析比较
1. 数据预处理,如归一化、补缺失值等
2. 采用上述四种方法机分别进行共表达网络构建和模块挖掘
3. 提取基因或miRNA共表达的模块后,我们用差异共表达分析扩展了共表达分析,具体包括拓扑富集分析、GO/KEGG富集分析、miRNA靶基因富集、验证模块保守性等。
4. 识别hub基因和miRNA
5. 识别疾病的标志物
6. 疾病调控网络分析
有多种gCEN模块提取技术可以推断基因功能并从基因表达数据中识别疾病与基因的关联。但由于miRNA的长度短,miRNA数据集的变异性高和尺寸小,因此很少有CEN模块提取技术。在我们的研究中,我们使用四种模块提取技术,即THD-Module Extractor,DiffCoEx,MODA和WGCNA,来提取基因和miRNA共表达的模块。
在这些技术中,THD-Module Extractor和WGCNA不假定对照和疾病状况之间存在异常。为了解决这个问题,我们扩展了这些传统的CEN技术,使用DiffCoEx和MODA的差异共表达功能,在控制和疾病条件下识别基因和miRNA之间的变异。